本校創於民國四十七年，當時校名為南投縣立埔里中學，地點在埔里鎮西安路(現為南投縣立埔里國民中學)。四十七年起招收高中部一班，五十四年招收兩班，五十六年政府實施國民教育，在縣辦國中、省辦高中原則下，省政府撥用台灣省菸酒公賣局埔里酒廠經營之省有土地約六甲為本校高中用地，由省立南投高中籌辦第一期校舍工程之興建。五十七年八月由鍾業強先生擔任首任省中校長，並將縣中時招收之高二(五十五年招考)高三(五十六年招考)學生接至省中，五十七年省中單獨招收四班高一學生，自四十七年起學校及學生未有中斷情形。

爾後為適應社會發展的需要，乃於六十年八月增設高級綜合商業科，六十一年試辦高商進修補校。六十二年八月進修補校正式成立。六十七年八月再增設會計統計科。六十九年二月，鍾校長榮調省立清水高中。後由范校長功勤先生接掌本校，范氏秉謙沖之懷，於安定中求進步，積極增進校舍，充實設備，並廣植花木，使校園清幽寧適，埔中更具規模。七十四年二月范校長榮調省立竹山高中，由北港農工校長徐均先生接任。七十六年八月，增辦高商進修補校自給自足班：商業經營科和會計事務科各一班。七十九年二月徐校長榮調中壢家商，徐氏長者風範，五年精心規劃，各項設備不斷充實更新，建樹良多。徐校長的榮調帶給全校師生無限的懷念。教育廳隨即派台南縣歸仁國中校長陳國偉先生繼任，陳校長上任以後，力求培養勤奮學風，樹立安康校園，推展適性發展教育，講求主動積極敏捷之教育行政。在一切為學生、一切為教育的大前提下，並加強師生各項精神教育及綠化美化校園工作。八十四年八月二日陳校長榮調台南二中，由羅東高工校長郭孚宏先生接任，郭校長尤其重視學生生活教育、愛國教育及職業技能培養，於八十六年八月增設資料處理科，開拓新視野，培養現代新人才。八十八年921大地震，校舍遭受重創，郭校長策畫進行校園重建。

九十年八月郭校長榮調台中高農，由竹山高中教務主任張永福先生接任；張校長接任後以涵育豪氣、追求卓越為其治校理念。民國九十年十二月十三日在鄉親父老各界人士期盼下，本校正式改制為「國立暨南國際大學附屬高級中學」。本校與暨大正式結為一家，資源共享、設備互通、人員交流、社團互動，展現蓬勃活躍景象。

學校因921大地震震毀之校舍重建工程、校園景觀及公共藝術均在張永福校長任內逐一完成。九十五年二月張校長榮調內壢高中，由國立暨南國際大學蕭芳華助理教授兼任代理校長。九十六年四月，由國立暨南國際大學陳啓東助理教授通過本校改隸後首次校長遴選而接任校長。本校校風純樸，師生感情融洽，校園景觀與各項建設已全部完成，在陳校長的領導下，結合暨大的行政支援，開拓學校創新與活力的新面貌。

一百零四年八月一日陳啓東校長榮任政大附中，由中興高中教務主任張正彥校長接任。一百一十一年八月一日張正彥校長榮調國立草屯商工職業學校，由國立草屯商工職業學校教務主任黃方伯校長接任。本校創校以來，歷屆畢業生除少數部份留學外，大多數在國內升學就業，服務於社會各階層，擔任主管或民意代表、鄉鎮長、教授、教師等職，其他經商或創業有成者為數甚多。目前本校日校共計三十班，進修部共六班，屬於中型規模的學校。在此花木扶疏，美好環境中，全校師生同心協力，顯現抖擻精神，在校長及全體老師悉心經營擘畫下，本校日新又新向教育新里程邁進。

為順應教育改革潮流、十二年國民基本教育政策，與符應108新課綱精神，本校提供多元且豐富的課程，包括數理實驗班、語文實驗班、綜合高中、國際貿易科、商業經營科、資料處理科、電子商務科、觀光學程，提供不同優勢智慧專長學生能適性學習與發展，凝聚師生共識規劃新課程，培育學生具備國際觀、實作創新能力、人文關懷與科學探究素養。

    更值得一提的是，本校獲得教育部高中優質化方案補助、完全免試入學資源挹注計畫、高級中等學校部分領域課程雙語教學計畫、高級中等學校充實學生自主學習空間及設施等多項計畫，並配合國立暨南國際大學USR大學社會責任計畫，學生在各領域表現崢嶸，獲得社區家長學生及主管機關的肯定，學校已躋身優質高中之林，辦學績效相信必能逐步由優秀邁向卓越。